El control biológico de las malas hierbas es una forma ecológica y habitualmente eficaz de luchar contra ellas. En algunas ocasiones es además muy contraproducente utilizar herbicidas, como es en el caso de superficies en desnivel y sujetas a escorrentías, pues la vegetación que sostiene las tierras con sus raíces, tras su eliminación dejará el terreno desnudo y a merced de la erosión, con el riesgo que ello conlleva de desplazamientos o corrimientos del terreno.

Algunos métodos de control biológico nacen de utilizar simplemente el conocimiento sobre el funcionamiento de los ciclos biológicos, y en general el sentido común. Por ejemplo, el método más simple y no menos eficaz que los controles químicos, es el de arar la tierra enterrando en ella las malas hierbas y semillas de plantas indeseables. La única precaución que debemos tener en este caso, es que el labrado demasiado profundo puede reducir la fertilidad del suelo. Por su parte, en el caso de pastos y céspedes se anula la proliferación de malas hierbas utilizando especies leguminosas, como el trébol, cuya superficie cobertora impide que las semillas de las hierbas indeseables puedan ejercer la fotosíntesis al quedar aisladas de la luz del sol; además, las leguminosas son plantas que enriquecen el suelo gracias a determinadas bacterias de sus raíces, capaces de fijar el nitrógeno atmosférico. Igualmente, se combaten eficazmente las malas hierbas manteniendo un manto de césped denso, y realizando el segado a una altura tal que las malas hierbas queden descabezadas antes de que consigan asentarse.

Otro método muy utilizado en jardinería es cubrir el suelo cultivado con plástico negro, con objeto de impedir que las semillas de las malas hierbas reciban luz y germinen, dejando las plantas que nos interesa cultivar asomando a través de huecos practicados en el plástico, o disponiendo el plástico lateralmente sobre las plantas a lo largo de caballones paralelos. Este sistema, además de un eficaz invernadero para las estaciones frías, evita que las heladas y escarchas endurezcan el suelo alrededor de las raíces, que reducirían su oxigenación.

Los acolchados también son métodos útiles para impedir la germinación de las malas hierbas, aunque más adecuado en jardinería que en agricultura. Consiste en cubrir la tierra alrededor de las plantas o arbolillos mediante cortezas trituradas de pino, serrín o gravillas. Tanto las malas hierbas gramíneas como las plantas de hoja ancha quedan muy limitadas en su crecimiento con este método; además, es una forma muy eficaz de preservar la humedad del suelo y evitar su evaporación.